러시아 로마노프 왕조의 유산인 파베르제의 달걀 중 세기말 최후의 보물 ‘메모리즈 에그’가 발견되고, 이를 노리는 괴도 키드의 예고장이 도착한다. 그를 막기 위해 괴도 키드 특별 수사팀과 코난 일행, 서쪽의 고등학생 탐정 핫토리까지 합류한다. 신출귀몰한 괴도 키드는 모두를 따돌리며 ‘메모리즈 에그’를 훔치는 데 성공하지만, 정체불명의 누군가에게 저격당해 행방불명된다. 무사히 달걀을 되찾은 코난은 ‘메모리즈 에그’에 담긴 수수께끼를 발견한다. 달걀의 비밀을 풀기 위해 크루즈를 타고 도쿄로 향하는 코난 일행, 그러나 배 안에서 의문의 살인 사건이 발생하고 진실은 미궁에 빠지는데…