1990년대 말, 기술의 급속한 발전과 함께 모든 분야에 진출한 범용 인간형 작업 기계 〈레이버〉. 그러나 그것은 레이버 범죄라 불리는 새로운 사회적 위협을 낳게 되었다. 잇따르는 레이버 범죄에, 경시청은 본청 경비부 내에 특수차량 2과를 창설해 이에 대응했다. 통칭, 특차 2과 순찰 레이버 중대 「패트레이버」의 탄생이다. 그리고, 세월이 흘러──. 노동 인구 감소 일로를 걷는 2030년대 일본은 AI 기술에 의한 자동화가 진전되고 있었다. 한때 최첨단 기술이었던 〈레이버〉는 사회 기반을 지탱하는 일부로 자리 잡았다. 사람이 탑승하는 스탠드얼론형 〈레이버〉는 자율형 로봇으로의 대체가 진행되며, 이미 시대에 뒤처진 존재가 되어 가고 있었다. 하지만 시대가 변해도 특차 2과의 임무는 변하지 않는다. 사람과 도시를 지키는 것. 제2소대는 구식 98식 AV 잉그램을 튜닝한 “AV-98Plus 잉그램”과 함께 지혜와 용기로 새로운 테크놀로지 범죄에 맞선다.