여행 중, 포켓몬 트레이너 「린」을 만난 지우 일행은 시합으로 지친 포켓몬을 쉬게 하려고 가장 가까운 포켓몬센터가 있는 마을로 향한다. 마을의 이름은 그린필드. 마음에 평안을 주는 녹색의 리조트 지대였을 터이지만... 그린필드 거대한 집에서 혼자 살고 있는 소녀 「미이」. 어느 날 밤 행방불명 된 아버지 「쉬리」가 남긴 기묘한 문자의 카드를 나열하던 것이 계기가 되어, 수수께끼의 포켓몬 「안농」이 나타난다. 그리고 그린필드는 순식간에 결정으로 뒤덮여간다. 그 때 갑작스런 결정화에 놀라는 지우 일행 앞에 나타난 것은 전설의 포켓몬 「앤테이」. 어째선지 앤테이는 지우의 엄마를 결정탑으로 데려가버린다. 앤테이를 아빠라고 부르는 미이였지만, 과연 쉬리는 앤테이가 되어버린 것일까? 지우는 엄마를 데려올 수 있을까? 사랑과 용기와 가족의 유대를 그린 포켓몬 어드벤처!