지구를 빼앗기 위해 새로운 적·나하네, 오하네프 그리고 수수께끼의 거대 괴물체가 우주에서 나타났다! 그 모든 것은 초진화연구소가 몰래 개발을 진행하던 신카리온 ALFA-X가 열쇠를 쥐고 있다...!? 평온한 나날을 보내던 하야토들 팀 신카리온의 싸움이 다시 막을 올린다--!! 갑작스런 적의 공격으로 아버지·호쿠토가 행방불명되어 불안감을 감추지 못하는 하야토. 거기에 나타난 것은 시공을 넘어 온 9세인 호쿠토였다! 빛의 입자에 휩싸여 타임 슬립 해 온 소년 호쿠토는 지구를 지키기 위해서, 그리고 본래 세계로 돌아가기위해 최신 기술을 결집해 완성한 신카리온 ALFA-X의 운전사가 되기로 결심한다. 두 사람의 뜻과 함께, 홋카이도 지부·야마가타 지부·오미야 지부·나고야 지부·교토 지부·몬지 지부에서 집결한 팀 신카리온은 우주 최강의 적에 대항한다! 팀 신카리온은 일본의 평화와 안전을 지킬 수 있는가! 하야토는 아버지·호쿠토와 재회할 수 있는가!?