2015년, 통칭 사도라 불리는 미지의 생명체가 UN 특무기관 네르프 본부가 위치한 일본에 출현한다. 줄곧 버려진 채로 지내던 소년 신지는 네르프 사령관인 아버지 겐도-에게 갑작스레 호출되어 인조인간 에반게리온(이하 에바)에 탑승해 사도와 싸우기를 요구당한다. 신지는 자신이 타지 않으면 중상을 당한 또래의 소녀 레이가 대신 출격해야 한다는 것을 알고 직접 싸우기로 한다. 신지는 에바 초호기를 움직이는 데 성공하지만, 훈련 경험이 전무한 터라 반격하지 못하고 제어 불능이 된다. 그러나 초호기가 폭주해 스스로 사도를 제압하고, 사도는 불리해지자 자폭한다. 네르프 작전부장인 미사토가 신지를 자신의 집으로 데려와 함께 살기로 한다.