쇼호쿠 대학 부속병원의 구명 구급 센터를 무대로, 연수생의 자격으로 들어 온 젊은 플라이트 닥터 후보생들과 지도의, 그리고 닥터 헬기에 종사하고 있는 사람들의 분투와 갈등을 그리고 있다. 제목 '코드 블루'는 급박한 상황에서 소생이 필요한 환자가 발생했다는 상황을 의미하며, 의사와 간호사들이 사용하는 은어이다. 헬리콥터를 이용해 응급 환자가 있는 곳으로 직접 출동, 환자를 직접 치료하고 운송하는 닥터 헬리에 탑승하는 플라이 닥터가 되기 위한 연수생 4명이 다양한 응급 상황과 팀원과의 교류 속에 성장하는 모습을 담은 청춘 의학 드라마