때는 2015년, SRC 우주개발센터에서는 괴수와 인간의 공존을 위한 신대륙을 개척하는 네오 유토피아 프로젝트가 착착 진행되고 있었다. 우주 비행사(아스트로노트)로서 새로운 희망에 불타는 무사시 하루노. 하지만 그곳에 우주에서 온 정체불명의 로봇들이 날아온다! 수송 로켓을 파괴하려고 다가온 그 순간, 일촉즉발의 위기! 울트라맨 코스모스 등장! 무사시는 코스모스와 함께 싸워서 그들을 물리치는데 성공한다! 하지만 그 순간, 과거 코스모스와 함께 지구의 위기를 구한 울트라맨 저스티스가 나타나 놀랍게도 로봇 군단의 기능을 부활시켰을 뿐만 아니라 코스모스까지 쓰러뜨리고 만다! 과연 저스티스의 진의는 무엇일까? 그리고 시시각각 우주에서 다가오는 거대한 물체의 정체는 무엇일까?