긴 세월 동안 지구의 평화를 지켜온 2대(大) 히어로 가면라이더와 슈퍼전대. 어느날 갑자기 가면라이더 디케이드는 모든 악의 조직이 한데 합쳐진 ‘대쇼커’의 대수령이 되어 슈퍼전대를 공격하고, 고카이저 레드 역시 ‘대잔갸크’ 대제왕으로 군림하며 가면라이더를 공격하기 시작한다. 계속해서 쓰러져 가는 히어로들… 겨우 살아남은 가면라이더 디엔드와 고카이 블루, 그린 등은 이 싸움의 수수께끼를 풀기 위해 과거로 떠나는데…. 과연 슈퍼전대와 가면라이더는 싸움을 멈추고 대쇼커와 대잔갸크 연합에 맞설 수 있을 것인가!?