슈퍼맨과 조드 장군의 격렬한 전투 이후 메트로폴리스는 파괴되었고 슈퍼맨은 세계 최고 논쟁의 인물이 되어 버린다. 검증되지 않은 신과 같은 능력을 지닌 슈퍼맨의 등장에 사람들은 두려움에 빠지게 된다. 한편 배트맨은 그 동안 타락했던 많은 자들처럼 슈퍼맨 역시 언젠가 타락을 할 것이라 생각하며 사회에서 가장 위험한 존재로 여긴다. 세계의 미래를 위해 무모하고 제어할 수 없는 힘을 가진 슈퍼맨으로 인해 벌어졌던 일들을 바로 잡으려 한다. 배트맨과 슈퍼맨이 격돌하는 사이 인류를 위협할 새로운 위기가 빠르게 부상하기 시작하는데...