인류가 처음으로 경험한 대규모의 우주 전쟁은 지구 연방 정부와 지온 공국 간의 싸움이었다. 그 마지막 1년 동안은 인간형 기동 병기, 다시 말해 모빌수트를 실전에 활용하는 테스트 기간이라 불러도 좋을 정도였다. 그로부터 약 10년 후인 우주세기 0087년. 지구의 사람들과 스페이스 콜로니에 사는 사람들과의 대립은 지금도 계속되어, 사고 방식의 간극은 좀처럼 메워지지 못한 채라 할 수 있었다. 스페이스 콜로니 그린노아2에 사는 소년 카미유 비단은 연방군 군인들에 대한 반발심으로 신형 모빌수트 건담Ｍｋ-Ⅱ를 탈취하여, 반(反)지구연방 조직 에우고(A.E.U.G)에 가담한다. 건담 Ｍｋ-Ⅱ를 빼앗긴 연방군의 엘리트 조직 티탄즈는 카미유의 부모를 인질로 삼는 치졸한 작전을 강행하고, 그 결과 카미유는 눈 앞에서 양친을 잃게 되고 만다. 양친의 죽음을 슬퍼할 새도 없이 에우고의 작전에 참가하게 된 카미유는, 대기권을 돌파해 지구로 강하하여 한 남자를 만나는데, 그 사람은 바로 오래전 샤아의 라이벌이었던 전설적인 인물 아무로 레이였다...